Основными целями образовательной деятельности Оренбургской Духовной семинарии являются:
– подготовка, переподготовка и повышение квалификации кадров священнослужителей, церковнослужителей, а также иных работников Русской Православной Церкви и других Поместных Православных Церквей;

– удовлетворение потребностей личности в духовном, интеллектуальном и нравственном развитии посредством получения высшего духовного образования.
Основные цели религиозной деятельности Семинарии заключаются в исповедании и распространении православной веры.
Срок обучения в семинарии – 5 лет.
На первых двух курсах семинарии студенты готовятся к каждому уроку и могут быть опрошены устно или письменно по усмотрению преподавателя. Последующие курсы семинарии имеют лекционную систему.
Изучение древних и новых языков происходит в небольших группах в среднем по 15 человек. Латинский язык является обязательным предметом для 2 и 3 курсов семинарии, на 4 курсе студент имеет право отказаться от его дальнейшего изучения. Древнегреческий язык является обязательным предметом для 3 и 4 курсов, на 5 курсе студент имеет право отказаться от его изучения. Новый язык студент изучает по выбору.
Учащиеся 1-4 курсов семинарии пишут семестровые сочинения. Количество сочинений в каждом семестре варьируется от одного до двух в зависимости от курса. Учащиеся 5 курса пишут дипломную работу.
Чтение лекций начинается в 9.00 и заканчивается в 14.30.
Обучение в ОренДС предполагает ежедневную самостоятельную подготовку студента к занятиям. На это отводится специальное время – с 17.00 до 19.00.
Самостоятельная подготовка проходит в аудитории курса, либо в читальном зале библиотеки или в компьютерном классе и является обязательной для студентов 1 и 2 курсов.
В конце семестра учащимся выставляются итоговые оценки. В конце учебного года учащиеся сдают дифференцированные зачеты и экзамены.
Обучение в семинарии оканчивается защитой дипломной работы. Студенту предоставляется самостоятельный выбор темы работы и научного руководителя. Для написания работы студенту предоставляется два дня в неделю; на время написания работы студент освобождается от всех послушаний. После защиты дипломной работы выпускник получает квалификацию специалиста в области православного богословия.