31 августа 1997 года митрополитом Оренбургским и Бузулукским Леонтием было освящено новое трехэтажное здание Православной гимназии на 120 учебных мест. В июне 2001 года Православная гимназия выпустила первых выпускников 9 класса. В 2003 году состоялся первый выпуск 11-классников Православной гимназии.

В настоящее время в Гимназии более 80 воспитанников, мальчики и девочки обучаются раздельно. Духовные дисциплины преподаются в Гимназии за счет регионального компонента. При организации учебного процесса Гимназии была взята для образца программа 2-х годичного Духовного Училища, утвержденная Учебным Комитетом при Священном Синоде. Эта программа была распределена на 11 лет обучения. В Гимназии, кроме общеобразовательных дисциплин, изучаются: церковнославянский язык, Жития Святых, Священное Писание Ветхого и Нового Завета, катехизис, церковная этика, Богослужебный Устав, церковный обиход, богослужебная символика, общецерковная история, история Русской Церкви, церковное пение, сольфеджио, дирижирование, история богослужебного пения; в старших классах – сектоведение, сравнительное, нравственное, догматическое и основное богословие.

Обучение ведется в двух направлениях - общеобразовательном и духовном, которые органично дополняют друг друга. Для более полного развития личности Гимназия прививает воспитанникам необходимые навыки молитвы, милосердия, с этой целью организует посещение детьми детских домов, интернатов, домов для престарелых, дети активно участвуют в Богослужениях; раскрывает смысл и значение духовной жизни в Православии; создает возможности для выявления и развития интересов и способностей детей в различных видах деятельности; организует культурно-массовые мероприятия: концерты, выставки, конкурсы, паломнические поездки по святым местам, просмотр фильмов религиозной тематики.

Воспитанники Гимназии носят специальную форму, несут послушания в алтаре, на клиросе, поочередно трудятся на ферме, в трапезной и выполняют прочие послушания социально-бытовой направленности. Все расходы, связанные с обучением и содержанием воспитанников Гимназии несет Свято-Троицкая Обитель Милосердия.